Дженнифер Энистон родилась в городке Шерман-Окс, (штат Калифорния, США) в семье греческого актёра Джона Энистона (урождённый Иоаннис Анастасакис) и Ненси Доу, актрисы с шотландскими и итальянскими корнями. У Дженнифер есть два брата Джон Мелик (старший) и Алекс Энистон (младший). Крёстный отец Энистон Греко-американский актёр Телли Савалас, лучший друг её отца.
До года Энистон жила в Греции. Но затем семья переехала в Нью-Йорк, где отец получил роль в мыльной опере «Любовь к жизни». Когда девочке было 9 лет, её родители развелись. Она осталась с матерью, но часто ездила к отцу в Лос-Анджелес, где Джон Энистон играл одну из главных ролей в сериале «Дни нашей жизни». В 11 лет Дженнифер начала играть в драматическом кружке школы Рудольфа Штайнера. Своё профессиональное обучение она продолжила в нью-йоркской школе актёрского мастерства в 1987 году.
После её окончания она участвовала в нескольких бродвейских постановках («For Dear Life», «Dancing on Checker's Grave» и др.). В этот период Энистон также подрабатывала курьером и занималась телефонным маркетингом.
Энистон принимала участие в радио-шоу Говарда Стерна в конце 1980-х и начале 1990-х. Она переехала в Голливуд и в 1990 году получила свою первую телевизионную роль в сериале «Molloy», а также роль в телевизионном фильме «Лагерь Кукамонга». Кроме того, она снималась в сериалах «Ferris Bueller» (1990), «The Edge» (1992) и «Muddling Through» (1994), а также появлялась в качестве приглашённой актрисы в телесериалах «Квантовый скачок», «Голова Германа» и «Закон Бёрка». После череды отмененных сериалов, а также своего появления в подвергнутом критике фильме ужасов «Лепрекон», Энистон серьёзно задумывалась о завершении карьеры актрисы.
Однако планы Энистон изменились, когда она пришла на кастинг сериала «Друзья», который стартовал на NBC в 1994 году. Продюсеры шоу сначала хотели попробовать Энистон в роли Моники Геллер, но актриса убедила их, что больше подходит для роли Рэйчел Грин. Этого персонажа она играла на протяжении всего сериала с 1994 по 2004 годы. Сериал стал очень успешным, и Энистон, наряду с остальными ведущими актёрами, получила известность среди телезрителей. Её прическу копировали женщины всего мира. В последних трёх сезонах «Друзей» Дженнифер получала зарплату в один миллион долларов за серию. За участие в этом шоу актриса была пять раз номинированна на «Эмми» (и победила один раз) в номинации «Лучшая женская роль в комедийном сериале».
Энистон снималась в нескольких фильмах-спектаклях, включая культовый хит «Офисное пространство». Она получила очень хорошие отзывы критиков за свою роль в малобюджетном фильме «Хорошая девочка» (2002). В конце 2005 года Энистон сыграла главные роли в фильмах «Цена измены» и «Ходят слухи», которые имели неплохие кассовые сборы, принеся более 30 миллионов долларов каждый.
Её карьера в кино продолжилась и в 2006, когда Энистон утвердили на несколько крупных ролей, включая романтическую комедию «Развод по-американски». В конце года она появилась в фильме «Жена сенатора» в роли Розалины. Также она продюсировалла этот фильм.
Известно, что в 2007 году актриса сыграет в криминальной драме «Wanted» и триллере «Diary».
Самым успешным фильмом Дженнифер является вышедший в 2003 году «Брюс всемогущий» (кассовые сборы 243 миллиона долларов в США), в котором она играла подругу главного героя. Также довольно успешен был фильм «А вот и Полли!» с её участием.
В прошлом Энистон встречалась с музыкантом Адамом Дьюрицем и актёром Тэйтом Донованом. Её серьёзные отношения с актёром Брэдом Питтом часто освещались в прессе. Она вышла за Питта 29 июля 2000 года в Малибу. Они расстались 7 января 2005 года и развелись 2 октября того же года. Многие СМИ называли причинами разрыва роман Питта с актрисой Анджелиной Джоли и нежелание Энистон иметь детей. После развода Энистон приписывают роман с актёром Винсом Воном, однако она не обсуждала свою личную жизнь с прессой.